Im Nutzgarten werden die Pflanzen gewöhnlicherweise als Nahrungsmittel angebaut und stehen demnach nicht mehr zum Verrotten zur Verfügung. Es ist daher ratsam, den natürlichen Kreis-Prozess künstlich nachzuempfinden. Durch Kompostierung von organischen Abfällen aus der Küche kann man die fehlende Biomasse ersetzen. Der Vorteil ökologischer Nutzgärten besteht hauptsächlich darin, dass die Erde hier im Gegensatz zu nicht-ökologischen Gärten noch eine diskrete Anzahl von Mikro- und Makroorganismen aufweist und eine zusätzliche Düngung überflüssig macht.
Besonders wichtig ist es, für jeden Pflanzentyp den passenden Dünger zu verwenden. Für alle Blattpflanzen sollte man einen Grünpflanzendünger, für blühenden Pflanzen einen Blühpflanzendünger, für Kakteen einen speziellen Kakteendünger und für Tillandsien und Orchideen einen Orchideendünger anwenden. Im Handel sind zudem auch spezielle Dünger für exotische Gewächse und Bonsaipflanzen erhältlich.
Für Kübelpflanzen sollte immer ein flüssiger Dünger angewendet werden, da es im Kübel leicht zu Überdosierungen kommen kann, welcher eine negative Auswirkungen auf die Wurzeln hat. Auch die Anwendung von Düngestäbchen ist bei Topfpflanzen nicht empfehlenswert.
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